Il "chakra" è l'energia necessaria a un ninja per eseguire una tecnica.
Questa energia si divide in due parti:
- l'energia corporea, formata da tutte le cellule del corpo
- l'energia psichica, sviluppata attraverso gli allenamenti e esperienze varie.
Con le tecniche ninja fuoriescono queste due energie che, sommate alle posizioni corporee delle mani, scaricano il "chakra" fuori dal corpo.
Un ninja, senza saper utilizzare il chakra, può fare davvero ben poco, a meno che non sia un genio nelle altre arti (es. Rock Lee con il taijutsu).
Più un ninja è abile a controllare e quindi a non sprecare chakra inutilmente, più tecniche potrà eseguire.
Spesso, infatti, troppe tecniche eseguite male o una tecnica eseguita ripetutamente consumano troppo chakra. Esistono dunque alcuni allenamenti specifici per imparare a controllare meglio il chakra.